目前，市场上出现的各种生物肥料，有粉剂或颗粒的，也有液体状态的。将它们施到土壤里，在适宜的条件下进一步生长、繁殖，一方面可以将土壤中某些难于被植物吸收的营养物质转换成易于吸收的形式，菌肥的使用越来越受到经济作物区的重视，不论是在蔬菜还是果园提质增效离不了菌肥。这是因为生物菌作用很多，有预防土传病害、改土沃土、促进生长等多种功效。但在使用中，有的朋友反映菌肥提高了产量和品质，也有的说用了菌肥没看到效果。这与使用菌肥的方法密切相关，只有使用得当，才能让生物菌发挥出应有的作用。
而要想生物菌肥达到良好的改良土壤及延长土壤使用寿命效果，必须保证菌体为活体状态，并且不断进行繁殖。也就是说，只有保证了所使用的生物菌为活体才能达到这一目的。那么，使用生物菌肥后如何保证它们处于活体状态呢？这需要从以下几个方面来做。
首先，菌肥不能用少了。山东省寿光市纪台镇长茄种植高手李延平说，菌肥是个好东西，但用少了作用不理想。他通过与同村菜农的交流总结出，菌肥一定要施足，形成强大的菌群，这样才能发挥出应有的效果。如种了十几年的老棚，建议采取基施、蘸盘、追施多种方式，以增加土壤中生物菌的数量，增强生物菌改土沃土、防病增产的效果。
其次，使用时避开强烈的光照。菌肥产品无论是存储还是使用，都不能暴露在强光之下，这是因为阳光中的紫外线对生物菌产品当中的细菌等有很强的杀灭作用。如果在存储或使用时使菌体长时间暴露在强光下，就会使菌肥的效果受到影响，持续时间越长，生物菌就被杀灭的越多，效果也就越不好。
再次，使用后及时补充水分。由于生物菌对于土壤的干湿度要求比较严格，并且生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要注意土壤不能太湿，如果土壤水分过大就会把其中的氧气挤掉，也会对生物菌的生长不利。当前多数生物菌产品是以好氧菌和厌氧菌搭配组成，也是使生物菌肥对土壤湿度的要求宽松了些。
另外，最好将土壤PH值调至适宜生存范围。由于对化学肥料的过分依赖，现在不少的土壤的理化性状都出现了不同程度的恶化，如缺乏有机质、盐分过高、pH值偏酸或偏碱等等，这些都不利于生物菌的生存和繁殖，如果土壤环境不好，那么使用再好的菌肥也不会产生好的效果。所以要注意调节土壤的理化性状，把土壤的pH值调整到在6.5-7.5之间。生物菌才能发挥出效果来。
最后：配合使用效果更佳！生物菌肥与有机肥搭配效果更好，有机肥的使用让土壤保持肥沃，提高土壤的有机质使菌肥在土壤中能够更好的繁殖存活，因为土壤有机物是有益菌的粮食。
微生物在农业上的作用已逐渐被人们所认识。未来，生物菌肥的施用比例会越来越高。现国际上已有70多个国家生产、应用和推广微生物肥料，随着国家对绿色农业发展的重视和支持，相信微生物肥料一定能健康有序地发展！
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