一、是使土壤持续“年轻”
土壤“年轻”可以理解为健康富有活力，不健康的土壤往往表现得死气沉沉，如蚯蚓等有益生物难以得见。从某个方面来说，有益微生物是土壤代谢的动力所在，有机物的分解、矿质元素的转化等都需要微生物的参与。当不合理施肥及土壤养护不当，有益微生物大量降低后，土壤就会出现富营养化、盐渍化、板结等不良状况，土壤的供肥能力大大降低，严重的甚至不能用于栽培蔬菜。
二、是预防土传病害侵染
当有害菌在土壤中大量滋生时，蔬菜栽培时往往出现较为严重的病害，其中土传病害是威胁蔬菜生长的最大因素，严重的土传病害会导致蔬菜绝产绝收。在自然条件下，抑制土壤有害菌依靠的是有益菌对其产生的抵抗。也就是说当土壤中的有益菌占上风时，土传病害就会减少。有的菜农会利用化学成分的土壤处理剂肃清土壤，既杀死了有害菌但同时也杀死了有益菌，而土壤处理以后及时补充有益菌，扩大有益菌在土壤中的数量，就能够保持土壤处理后的优势，把土传病害控制在不发生或轻微发生的范围内。
三、是保护和促生根系
土壤中有益的微生物不仅是土壤养护的动力，同时其繁殖和代谢能够给蔬菜的根系带来正面的辅助效果。如在根系周围的有益微生物数量大时，有害菌很难接触根系，自然就不能够侵染。有益微生物的代谢物还能够被直接吸收利用，从而直接促进根系生长。
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